跨境電商試點在幾個城市啟動后，由于各項監管流程的細節尚在探索中，海關總署也沒有統一版的系統平臺，新系統仍需靠總結試點經驗來建設，于是乎各地電子口岸或經貿委組織下的類似“中間業務平臺”應運而生，即跨境電商公共服務平臺，也即后來所說的跨境電商“單一窗口”。
各地通過公共平臺的搭建，使之成為電商、支付、物流、倉儲、郵政、消費者與海關、商檢、國稅、工商、外管及相關政府機構之間信息共享的橋梁，完成企業備案、商品備案、訂單、運單、支付單、物流狀態及消費者身份等統一信息交換并在電商外貿統計、輔助查驗、風險管控、結匯退稅、地方補貼等管理方面發揮了重要作用。
以跨境直購進口為例，整個運作鏈條分為幾個環節:海外商品集采、國際物流(包括海外集貨倉、海外清關以及干線物流)、進境報關報檢清關流程、國內快遞的落地配。運作的前提是相關企業及商品信息都在海關或跨境電商服務平臺提前進行備案，不少地區商檢、海關是獨立的，能進入的商品各地政策也有不同。
當用戶下單付款后，國內跨境電商企業會產生訂單及支付數據(或支付企業提供)為了申報通常還要消費者提供身份信息，物流企業根據電商企業傳輸過來的數據。產生運單數據，此為“三單”，數據會全部傳輸到企業備案的跨境服務平臺，服務平臺再將數據傳輸到海關管理平臺(海關內網),“三單”和“申報單”進行數據對碰，然后海關開始審單。
同時系統布控，海關抽出進行現場查驗，比對數據、實物等各項信息。正常訂單經后臺對比后被“數據放行”，完成清關，反饋結果會從管理平臺經由服務平臺，發送給申報企業。實物清關放行后進行派送簽收。
商品備案后，在進境申報環節，申報企業必須填寫 hscode，海關以此計算稅率。申報主體，通常保稅進口為監管場所企業，直郵進口為國際物流商。
用戶收到的包裹里通常附有《申報清單》，上面不僅包含了消費者購買商品的清單編號、訂單號、訂單信息，還有商品進境和報關的海關名稱、商品原產國，以及身份、稅費等信息，這張清單海關持有一份，消費者一份，表示所購買的商品是經過合法報關清關、商檢檢驗、海關審核的。
無法提供“三單”電子信息的跨境電子商務零售進口商品，按規定以一般貿易執行。理論上，對于發生在那些沒有與海關聯網的電商平臺(外國電商網站，如skinstore)上的交易，如果快遞、郵政企業能夠統一提供“三單”信息，代傳并承諾承擔相應法律責任，那么也適用此政策。
保稅進口復雜在于增加了一個進保稅區的環節，與出區的申報信息要求類似。按跨境電商新政要求，保稅進口商品不僅要備案，而且如果不在“白名單”里，還要像傳統貿易一樣向海關提交進口許可證件，申報清單內的商品不再免于檢驗、檢疫，直購商品免于驗核通關單。
辦進口許可證與電商市場發展，完全不在節奏，所以目前受行業呼吁暫緩執行。但長久來看，入區申報不會僅僅像現在這樣只備案即可，尤其對于非試點城市，如果要做跨境電商保稅進口，則完全可以按海關1239監管碼的新流程來操作。
在征稅方面，早期的跨境電商稅就是行郵稅，稅率低于貿易綜合稅，因此商品價格優勢凸顯，成功引導了跨境電商進口的飛速發展。電商慣用的分單形式達到免征額以下，使實際承擔的平均稅負進一步降低。
試點城市屬地海關會為每票稅額50元以上的訂單形成一份稅單，然后按月為電商企業形成一份大稅單。這種模式下的進口電商，若定性為個人物品則不允許再次銷售。而實際上許多海淘店類以小型的貿易商，打擦邊球，從海外進貨、在境內轉售。


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