日本位于亞歐大陸東端，太平洋西部，由數千個島嶼組成，港口眾多。海運到日本的船除了日本本國船公司承運的外，還有開通日本航線的船司。
日本海運船公司主要有日本郵船nyk、商船三井mol、川崎汽船kline等，除此之外，就是我國的船司居多。
日本主要港口有nagoya（名古屋）、tokyo（東京）、yokohama（橫濱）、kobe（神戶）、moji（門司）、osaka（大阪）。從物流網獲悉掛靠日本港口的船公司主要有：中運海運cosco、長榮海運emc、穆勒亞洲航運mcc、東方海外oocl、海豐國際sitc、德翔航運tsline、萬海航運whl、陽明海運yml、正利航運cnc、亞川船務ial、錦江航運jinjiang、中海集運cscl、長錦商船（skr）sinokor、現代商船hmm、安通船務onto、中通國際海運ccl、亞海航運asl、中外運集裝箱運輸sinotrans、上海海華輪船hasco等。
商船三井（mol）優勢航線有日本、非洲、歐洲。
德翔海運（tsl）優勢航線有日本、東南亞、中東印巴。
萬海航運（whl）優勢航線有歐洲基港、日本、東南亞、中東印巴。
中遠集運（cosco）優勢航線有歐地、美線、中南美、東南亞、澳新、日本等航線都較為活躍。
海豐國際控股有限公司（sitc）1992年5月開辟中國-日本航線。
正利航運（cnc）服務范圍涵蓋各國，包括臺灣、香港、中國大陸、日本、韓國、新加坡、馬來西亞、泰國、菲律賓、印尼、越南、孟加拉、柬埔寨、印度以及緬甸，提供快速以及綿密的服務網路。
錦江航運，2001年推出上海至日本航線，目前在日本東京、橫濱、清水、名古屋、大阪、神戶掛靠，今后將增加配船港口。
海華（hasco）經營的日本航線覆蓋網點密，船期密度高；船隊配備為市場最精良，船齡小，船速快，船期準。
陽明海運與美國總統輪船（apl）2015年聯營日本-臺灣-泰國航線（簡稱jt2）。該航線將由陽明海運投入一艘1800teu集裝箱船和美國輪船公司投入2艘同級船舶共同營運。航線掛靠港口順序為林查邦（laem chabang）-香港（hong kong）-高雄（kaohsiung）-大坂（osaka）-神戶（kobe）-門司（moji）-博多（hakata）-高雄（kaohsiung）-赤灣（chiwan）-林查邦（laem chabang）。
長榮海運與萬海航運2017年9月一起開通日本-中國臺灣地區新航線。日本-中國臺灣地區新航線名為jh2,將配置3艘1700teu集裝箱船，其中萬海航運提供2艘，長榮海運提供1艘。jh2的掛靠港序為大阪、神戶、清水、橫濱、東京、臺北、高雄、香港、蛇口、海防和大阪。而jtp將停掛臺中、馬尼拉，新掛靠高雄、海防。


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