當賣家通過貨代公司把貨物送到了目的國，卻有可能再碰上其他的難點，要么是貨物無法入庫，遭到亞馬遜退貨;要么是被亞馬遜系統自動分倉，fba頭程配送費和入庫成本都會劇增。
無法入庫的原因可能有多種，可能產品規格過大、重量過重，也可能是產品包裝不符合要求，這些賣家都要事先與供應商溝通好，因為亞馬遜對于產品的要求非常嚴格。“如果是因為沒有產品貼而被退貨，可以重新貼;如果是包裝損壞或不符合要求，供應商要重置包裝盒。”公司在美、德、英、加、日都設有退貨換標倉庫，可助賣家一臂之力，將產品重新貼標或包裝后，送入fba倉。此外，亞馬遜明令禁售的產品和仿品，fba是絕對不會接受的。
fba分倉的問題就比較復雜了，而且通常難避免。新手賣家在創建shipment之后會碰上同一個sku的產品被分到1-3個不同的倉庫中，有的賣家會選擇其中一個發而直接刪除其他的shipment，但是這樣的做法屬投機取巧，不符合亞馬遜的政策，長久下去會受到警告甚至影響賬號評核。出現這種狀況，如果賣家運輸成本預算充足，建議直接發國際快遞，雖然成本較高但是解決方法簡單，或者就是選擇走海運，有不少賣家聯合自己的朋友圈，集中向貨代定倉位，集中出運，分攤成本。
亞馬遜還有另一種解決方法——inventory placementservice,這是付費項目，但賣家可以自由調整、合并自己的shipment.事實上，如果賣家不用支付費用地自由選擇，那必然導致亞馬遜一些倉庫爆倉，一些卻空空如也。


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