海運承運人聯盟的流動性使集裝箱多式聯運在海運碼頭的交接過程變得更加復雜，同時也對碼頭運營商在堆場內鐵路運輸和內陸鐵路樞紐的物流技術提出了挑戰。
griffin creek咨詢公司總經理兼董事長、運輸業資深人士ed zaninelli表示，航運聯盟將會對行業運營帶來更大的挑戰，但碼頭運營商應當能夠應對這一挑戰。他表示：“這對物流業而言是一種挑戰，而非夢魘。”
碼頭運營商正在經歷的改變是從海邊開始的，碼頭被迫提升其船岸起重機高度，以便能夠裝卸船上10層高的集裝箱。由于同一艘船卸到碼頭的集裝箱可能屬于同一聯盟的六家以上的海運公司，集裝箱聯運轉運的隨機性增加。zaninelli表示，鐵路堆場與收貨人倉庫分布距離很遠，增加了內陸目的地的復雜性和成本。
碼頭運營商，尤其是在西海岸，是亞洲到美國內陸目的地供應鏈中必不可少的組成環節。通過在碼頭邊建設鐵路轉運設施，碼頭運營商將來自亞洲的集裝箱直接裝運到聯運火車上，快速運達美國東部人口眾多的城市。從西海岸經火車聯運抵達上述目的地比走全水路運輸集裝箱到東海岸港口可以節省托運人10天至兩周多時間。
在共用艙位協議出現以前，從船舶到內陸目的地是多式聯運供應鏈中完整的一個環節。由一家海運公司運營的船舶只運輸該公司控制的集裝箱。在洛杉磯長灘，每家海運公司往往在13個集裝箱碼頭中的一座碼頭擁有財務權益。
這就產生了關鍵的貨量，每一艘船舶卸下的集裝箱可以裝滿一列或幾列單元列車，運往主要內陸目的地，如芝加哥、達拉斯、亞特蘭大與俄亥俄河谷。運往孟菲斯和堪薩斯城等二級目的地的集裝箱用卡車運到碼頭外鐵路堆場，并在這里匯集集裝箱，組建單元列車。
在過去的幾年里，承運人組建聯盟的主要目的是為了降低成本。聯盟允許每個海運公司作為單獨營運商開通更多的航線，而只需為聯盟提供少量成本昂貴的船舶。
這一安排有利于承運人，卻使得碼頭運營變得更加復雜，因為每個海運公司的集裝箱都必須單獨堆放在一起。ssa海運首席運營官ed denike表示，處理集裝箱進口已經是海運碼頭最復雜的操作了。他說，要將集裝箱根據海運公司分開堆放讓處理進口集裝箱變得更加困難。
denike表示，海運公司還與西部一級鐵路簽有單獨的聯運合同，現在多家海運公司的集裝箱在同一個碼頭進行處理，簽有多份運輸合同，增加了業務安排的復雜程度。
由于一些海運公司仍然在一些海運碼頭擁有財務權益，聯盟成員可能安排該海運公司運營的船舶在其姊妹碼頭停靠，而安排同一航線其他海運公司的船舶在聯盟合作伙伴的附屬碼頭?？?。這導致聯運集裝箱每周卸在不同的碼頭，可能會有時在長灘，有時在洛杉磯。
根據內陸鐵路堆場的位置，這種情況也有可能導致接收方的混亂。zaninelli表示，達拉斯沃斯堡就是一個比較復雜的聯運目的地，因為聯合太平洋鐵路與 bnsf鐵路堆場相距只有65英里。由于托運人經常將其配送中心設立在鐵路運營的鐵路堆場附近，海運公司在服務合同中已經指定了運輸鐵路，聯盟運輸會增加往返鐵路堆場的路程。


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